Le CSEM est dirigé de manière équilibrée par son conseil d’administration, son comité de direction et son comité scientifique consultatif. Le conseil d’administration nomme le comité scientifique consultatif du centre, lequel est approuvé par la présidence de l’EPFL, une des deux institutions fédérales de technologies en Suisse. Le conseil est également présidé par un(e) représentant(e) de l’EPFL. 

Le conseil scientifique se compose d'expert.e.s de l'industrie et de l'enseignement supérieur. Ils assistent le CSEM dans la définition de sa stratégie de recherche. Le conseil allie les intérêts économiques à l'expertise du secteur universitaire.