CSEMs Entscheidungsgremien sind Verwaltungsrat, Geschäftsleitung und wissenschaftlicher Fachbeirat.

Der Verwaltungsrat ernennt den wissenschaftlichen Fachbeirat, der vom Präsidium der EPFL, einer der beiden Eidgenössischen technischen Hochschulen der Schweiz, genehmigt wird. Den Vorsitz im Verwaltungsrat nimmt ebenfalls ein Vertreter der EPFL ein. 

Der wissenschaftliche Fachbeirat setzt sich aus Experten aus Industrie und Hochschule zusammen. Sie unterstützen CSEM bei der Festlegung der Forschungsstrategie. Der Beirat vereint die wirtschaftlichen Interessen mit der Expertise aus dem Hochschulbereich.